Francesco Bagnaia domina sulla pista di Sepang, registrando il miglior tempo nelle pre-qualifiche con un 1:57.670. Il campione del mondo della Ducati ha lasciato dietro lo spagnolo Jorge Martin, suo diretto rivale per il titolo, che, nonostante una scivolata nel finale, ha chiuso al secondo posto con un tempo di 1:57.729. Terzo miglior tempo per Enea Bastianini, mentre in Q2 accede anche Marc Marquez. Andrea Iannone, tornato in MotoGP per sostituire Fabio Di Giannantonio nelle ultime due gare della stagione, ha segnato il penultimo tempo dopo un buon nono posto nelle prove libere.